Die evangelische Geschichte von Münster ist lang und verwickelt. Sie fängt an mit „Stutenbernd“. Das war der Spitzname von Bernd Rothmann, der ursprünglich Prediger an St. Mauritz war. Er sympathisierte mit der Reformationsbewegung und hat dabei Kontakt zu unterschiedlichen Strömungen gehabt. Weil er zum Abendmahl Brot aus Hefeteig verwendete, kam er zu seinem Spitznamen. Besonders die eigentlich recht friedfertige Täuferbewegung hatte es ihm angetan, aber in den Jahren 1532/33 radikalisierte sich die Bewegung in der Auseinandersetzung einerseits mit den Lutheranern andererseits mit dem Bischof.
Als 1534 die Rothmann propagierten Taufen von Erwachsenen beginnen, markiert das den Beginn des zweijährigen Dramas um das Münsteraner Täuferreich. Bischof Franz von Waldeck, selbst reformatorisch eingestellt, lässt die Stadt belagern. Auch evangelische Fürsten beteiligen sich mit Truppen an der Belagerung. Im Juni 1535 wird die Stadt eingenommen. Die Anführer der Täufer werden Anfang 1536 hingerichtet und in den bekannten Eisenkörben an Lamberti aufgehängt. Obwohl die Protestanten in der Stadt offiziell entrechtet werden, gibt es aber nach wie vor evangelische Ratsherren und evangelisches Leben in der Stadt. Erst Anfang des 17. Jahrhunderts setzt sich die Re-Katholisierung von Münster durch.
Den nächsten, allerdings nicht dauerhaften Wendepunkt markieren die napoleonischen Kriege und der Reichsdeputationshauptschluss von 1803. Deutsche Fürsten, die Gebiete an Frankreich abtreten mussten, erhielten Abfindungen unter anderem durch die Säkularisierung kirchlicher Besitztümer. Die dafür zu leistenden staatlichen Entschädigungen an die Kirchen werden heute immer noch gezahlt – aber das ist ein anderes Thema. Das Fürstbistum Münster fällt nach dem Reichsdeputationshauptschluss dem reformiert-protestantischen König von Preußen zu. General von Blücher wird Militärbefehlshaber in Münster, und weil die preußischen Soldaten und Beamten zum Großteil evangelisch waren, fördete Blücher die Gründung einer evangelischen Gemeinde. 1804 wurde Wilhelm Möller erster (reformierter) Pfarrer in Münster, 1805 folgte Friedrich Wilhelm Offentsmeyer als lutherischer Kollege.
Die Kabinettsorder vom 18.2.1805, einen Kirchenvorstand zu bilden und regelmäßig Gottesdienste zu feiern, abwechselnd geleitet vom reformierten und lutherischen Pfarrer, gilt heute als Gründungsdatum der neuen evangelischen Gemeinde, die „vereinigte protestantische Civilgemeinde in Münster“. Allerdings hatte die junge Gemeinde in dieser Form nicht lange Bestand, denn 1806 erklärte Preußen Frankreich im Alleingang den Krieg, musste sich aber Napoleon geschlagen geben und verlor im Friedensvertrag von Tilsit fast die Hälfte seines Territoriums, u.a. das Münsterland. Die evangelische Gemeinde geriet unter politischen wie finanziellen Druck. Die Pfarrer Offensmeyer und Möller verließen Münster wieder und die Pfarrstelle mit dem glücklosen Prediger Carl Martens besetzt.
1812 zog Napoleon gegen Russland und obwohl es ihm gelang Moskau einzunehmen, läutete der Russlandfeldzug Napoleons Ende ein. Mit 600.000 Soldaten war Napoleon losgezogen, mit 10.000 kam er zurück. Tschaikowski hat die Geschichte in seiner „Ouvertüre 1812“ mit musikalischen Mitteln nacherzählt. Preußen nutzte die Gelegenheit, gegen den geschwächten Napoleon ins Feld zu ziehen. In der Völkerschlacht bei Leipzig 1813 besiegte Preußen mit seinen Verbündeten Frankreich und das Münsterland fiel zurück an Preußen. Daran änderte auch Napoleons letztes Aufbäumen 1815 nichts mehr: In der Schlacht bei Waterloo, in der Napoleon vernichtend geschlagen wurde, spielte der schon erwähnte Blücher eine entscheidende Rolle („Ich wollte, es wäre Nacht, und die Preußen kämen.“).
1816 kommt Wilhelm Möller als Pfarrer zurück nach Münster. Zusammen mit dem lutherischen Kollegen Ludwig Natorp bauen sie die evangelische Gemeinde neu auf. Für den Preußischen König Friedrich Wilhelm III. ist der Zugewinn des Münsterlandes allerdings auch mit religionspolitischen Problemen behaftet, denn nun muss er sich nicht nur mit den zerstrittenen Reformierten und Lutheranern rumschlagen, sondern auch noch mit Millionen widerspenstigen Katholiken. Praktischer wäre eine schon länger verfolgte Strategie, zumindest die beiden protestantischen Richtungen zu vereinen. Zum 300. Reformationsjubiläum 1817 ruft der König daher zur Union beider evangelischer Konfessionen auf.
Die evangelische Gemeinde in Münster kann in dieser Hinsicht als Vorreiter des Unionsversuchs angesehen werden. Als „vereinigte protestantische Civilgemeinde in Münster“ war sie von Anfang an ein Vereinigungsprojekt. Entsprechend begeistert wird am 31. Oktober 1817 in Münster ein Unionsgottesdienst gefeiert. Die Kirchenunion tritt allerdings nicht an die Stelle der lutherischen und reformierten Kirchen, sondern fügt der evangelischen Kirchen einen dritten Konfessiontyp hinzu. Ab 1821 hieß die Kirche zunächst „Evangelische Kirche in Preußen“. Als mit dem 1. Weltkrieg das landesherrliche Kirchenregiment endete, hieß sie „Evangelische Kirche der altpreußischen Union„, ab 1953 „Evangelische Kirche der Union„. Nach der Vereinigung mit den Kirchen der Arnoldshainer Konferenz 2003 heißt sie heute „Union evangelischer Kirchen„.
Die preußische Union gilt als Verwaltungsunion, nicht als Bekenntnisunion. Dennoch sind Gemeinde, die nach 1821 in der preußischen Provinz Westfalen gegründet wurden, in der Regel unierte Neugründungen. Die heutigen evangelischen Kirchengemeinden in Münster sind daher unierte Gemeinde. Man erkennt es auch daran, dass sie im Titel „Evangelische Kirchengemeinde“ heißen, im Unterschied zu „Evangelisch-lutherischen“ oder „evangelisch-reformierten“ Gemeinden, die es ebenfalls in der heutigen Evangelischen Kirche von Westfalen gibt.